R语言
R语言实操记录——获取包的三种渠道及安装包的三种方式
文章目录
R语言一、获取包的三种渠道二、安装包的三种方式2.1、CRAN2.2、Bioconductor2.3、Github注意
一、获取包的三种渠道
渠道1 、CRAN：R语言的官网，里面包含有绝大多部分领域的大部分包。
渠道2、Bioconductor：生物专业的相关网页，包含有大部分的专业数据分析包。渠道3、Github：一部分还未被官网收录的包或者比较新的包会被发布在Github上。
二、安装包的三种方式
每种渠道都有自己的安装方式
2.1、CRAN
之前将了基于R的两种安装包的方式link，这里讲一下基于RStudio的三种安装方式。
三种方法就是基于之前讲的两种方法的演变，前两种是在线安装，第三种是源码安装
安装前可以在RStudio中的选项卡 Tools -> Global Options -> Packages 下调整镜像源（CRAN），选China的可以提高下载速度，当前镜像源崩溃时也可以用这方法来切换别的镜像源下载。（此方法是基于RStudio的，基于R的也在前面文章中介绍过）
方法一：调用函数 install.packages(“packagename”)（单引号也是一样的效果）
方法二：RStudio中的选项卡 Tools -> Install Packages（在线安装）
方法三：找到对应官网，下载源码压缩包（.zip,.tar.gz）后在RStudio中的选项卡 Tools -> Install Packages（源码安装）（需要自己下载依赖项）
2.2、Bioconductor
在线安装：
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
# 安装Bioconductor的包需要用到BiocManager包来实现（：：表示调用BiocManger中的install函数）
# 上面两句函数是用来搜索是否已经安装BiocManager包的，没有则安装。
# 假如已经确定安装过此包，可以直接输入下面的语句来安装包
BiocManager::install("Packagename")
源码安装：（同上述方法三）切换镜像源：Bioconductor是外网，在下载时容易中断或速度较慢，可以切换为国内的镜像源。
清华镜像运行下述语句就可以实现安装
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
2.3、Github
安装方式：（官网上查找对应的包，下面一般会给出安装语句）
install.packages("devtools")
# 预先安装devtools包
devtools::install_github('Creatorname/Packagename')
示例：安装monocle3包
devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle3")
注意
一般在安装Bioconductor包或者Github包时会提问是否需要更新其他包，这里选择否原因：包之间都存在着依赖关系，但是由于开发包的时间不同，基于的版本号也不同，更新可能会导致包之间依赖关系的崩溃，所以建议不要全部更新，而是只更新需要的包。